内设机构：办公室、组织人事科、财务后勤科、食品和环境卫生科、检验科、急性传染性疾病预防控制科、性病艾滋病预防控制科、慢性传染性疾病预防控制科、寄生虫病与病媒生物防制科、地方病预防控制科、免疫规划科、慢性非传染性疾病预防控制科、健康教育科、公共卫生科、质量控制办公室、预防医学门诊部、许可服务科、法制稽查科、医疗卫生监督科、传染病防治监督科、综合卫生监督科、职业和放射卫生监督科22 个正科级内设机构。
一、办公室
负责统筹协调、督查督办和办文办会办事等行政管理工作；负责日常运转，承担文秘、安全、保密、信访、政务公开、考评等工作。
二、组织人事科
负责基层党建、党风廉政建设、意识形态等工作；承担人事管理、工资管理、机构编制和人才队伍建设等工作；负责离退休干部工作。
三、财务后勤科
负责制订财务管理、内控管理等制度；负责预决算编制、会计核算、财务报表编制及财务分析、固定资产和物资管理等工作；负责处理日常收支、报销及税务申报等工作；负责食堂、水电、维修、保洁、门卫等后勤保障。
四、食品和环境卫生科
负责食品安全风险监测与评估、食源性疾病监测管理与风险评估等食品与营养卫生工作；负责饮用水卫生质量监测、公共场所卫生质量监测等环境卫生工作；负责卫生微生物及理化检验工作；负责开展食品安全标准跟踪评价和宣传培训，开展食品企业标准备案管理，参与食品安全地方标准制（修）订等工作。
五、检验科
负责疾病病原微生物检测工作；负责实验室生物安全管理，指导辖区病原微生物实验室工作。
六、急性传染性疾病预防控制科
负责传染病疫情监测预警、疫情信息收集与上报及突发公共卫生事件报告管理、业务培训、现场指导等工作；负责开展传染病疫情分析、风险评估、卫生应急管理；负责疾控监督员日常管理工作；负责实施新冠、流感、致病菌等重点传染病的监测检测。
七、性病艾滋病预防控制科
负责制订艾滋病、性病、丙肝、麻风病预防与控制有关工作计划、实施方案，开展业务指导、质量控制和技术培训；负责皮防康复休养员日常管理服务工作。
八、慢性传染性疾病预防控制科
负责制订结核病预防与控制计划及实施方案，开展业务指导、质量控制和技术培训等工作。
九、寄生虫病与病媒生物防制科
负责制订疟疾、寄生虫病、虫媒疾病及病媒生物预防与控制有关工作计划及实施方案，开展业务指导、质量控制和技术培训等工作；统筹开展爱国卫生技术指导工作。
十、地方病预防控制科
负责制订鼠疫、狂犬病、布病、碘缺乏病等传染病、地方病有关工作计划及实施方案，开展业务指导、质量控制和技术培训等工作。
十一、免疫规划科
负责预防接种管理及疫苗相关疾病监测；负责疾控机构基本公共卫生服务项目的统筹协调工作。
十二、慢性非传染性疾病预防控制科
负责慢性非传染性疾病监测，评估疾病负担；负责指导开展慢性病患者筛查及管理；负责组织实施慢性病综合防控项目；负责培训基层并指导技术应用。
十三、健康教育科
负责健康教育与健康促进工作业务指导、质量控制、技术培训及效果评估；负责承担健康科普宣传、新闻报道、舆情监测和信息报送、发布等工作。对外可使用保山市健康教育所的名义和印章开展工作。
十四、公共卫生科
负责开展职业病防治、放射卫生技术指导、咨询、培训及宣教工作；负责学生常见病监测、营养健康、传染病防控、学校教学环境卫生监测等工作。
十五、质量控制办公室
负责中心内部实验室质量控制相关工作；负责中心内部科教协同、项目申报、继续医学教育等工作。
十六、预防医学门诊部
负责常见皮肤病的诊断、治疗及预防工作；负责制订门诊药房相关药物购进、验收、储存、养护及使用制度；负责中心内部医疗废物暨医源性污水的管理与处置。
十七、许可服务科
承办市卫生健康委员会交办的卫生健康行政许可服务事项的受理、审核、审批、制证等工作。
十八、法制稽查科
受理和组织调查处理投诉、举报，承担卫生健康监督执法稽查、行业作风建设、行政执法培训等工作。
十九、医疗卫生监督科
承担医疗卫生、采供血、妇幼健康、中医药等卫生监督执法工作；负责对医疗卫生机构的设置审批、执业登记、变更、校验等事项进行现场审查。
二十、传染病防治监督科
承担医疗卫生机构预防接种、传染病疫情报告和控制措施、消毒隔离制度执行、医疗废物处置及病原微生物实验室生物安全管理、突发重大传染病疫情防控等传染病防治卫生监督执法工作；负责职责范围内消毒产品卫生监督执法工作。
二十一、综合卫生监督科
承担公共场所卫生、学校卫生、托幼机构、生活饮用水卫生、餐饮具集中消毒等卫生监督执法工作；组织开展卫生监督协管服务项目绩效评价等工作。
二十二、职业和放射卫生监督科
承担职业卫生、放射卫生等监督执法工作，对放射诊疗建设项目预评价报告审核、竣工验收及医疗机构放射诊疗许可等事项进行现场审查
